Në vitin 1991, Hungaria u bë pjesëtare e IOM-it dhe në vitin që pasoi organizata hapi zyrën e saj në Budapest.  Që prej nënshkrimit të marrëveshjes ndërmjet IOM-it dhe Qeverisë Hungareze (7 Prill 1992), Misioni i IOM-it gëzon status diplomatik.  Gjatë viteve ’90 IOM-i ka menaxhuar projekte të ndryshme që kanë lidhje me kundër-trafikimin, migrimi dhe shëndeti, kthimi vullnetar dhe i asistuar, asistencë ndaj migrantëve në tranzit si dhe zhvillimi i fushatave të ndryshme informimi publik mbi çështjet e migrimit në Hungari. 

 

Zyra e IOM-it në Hungari ka qenë aktivisht e angazhuar në zhvillimin e kapaciteteve të qeverisë Hungareze për të menaxhuar cështjet e migracionit, nëpërmjet trajnimeve, organizimit të programeve të shkëmbimit rajonal dhe ndërkombëtar, si dhe konferencave dhe projekteve kërkimore.  IOM Budapest ka vendosur gjithashtu partneritet me një numër të madh organizatash jo-qeveritare duke ndihmuar migrantë dhe viktima të trafikimit në Hungari. 

 

Gjatë Nëntorit të  vitit 2000 dhe deri ne Korrik të 2011, zyra e IOM-it në Budapest ka funksionuar si “Mision me Funksione Rajonale” (MRF) duke siguruar mbështetje të drejtpërdrejtë dhe asistencë misioneve të tjera të IOM-it në rajonin e Europës Qëndrore.

 

Që prej Korrik 2011, IOM Budapest është Misioni i Vendit për Hungarinë.  Zyra e IOM Budapest përbëhet nga departamenti I Financës, Administratës dhe Burimeve Njerëzore, nga Njësia e Zhvillimeve dhe Zbatimeve të Projekteve si dhe nga Departamenti I Operacioneve.