Magyarország 1991-ben lett a Nemzetközi Migrációs Szervezet (IOM) tagállama, a budapesti kihelyezett irodát egy évvel később, 1992-ben létesítették. A magyar kormány és az IOM közti szerződés aláírása óta (1992. április 7.) helyi szervezetünk diplomáciai testületként van nyilvántartva. Az 1990-es években az IOM Budapest több projektet is indított, többek között az emberkereskedelem ellen, migráció és egészség témakörben, támogatott önkéntes hazatéréssel kapcsolatban, továbbá segítséget nyújtott átutazóban lévő migránsok számára és információs kampányokat indított migrációs témakörben Magyarországon.

A budapesti IOM iroda aktívan közreműködik a magyar kormány kapacitásnövelésében migráció managementtel kapcsolatban tréningek, konferenciák, kutatási projektek és regionális és nemzetközi csereprogramok szervezésével. Szervezetünk továbbá értékes kapcsolatokkal rendelkezik több hazai nem kormányzati szervvel, amelyek a migránsokat és emberkereskedelem áldozatait segítik.

 2000 novembere és 2011 júliusa között a budapesti IOM iroda regionális funkciókat is ellátott. Ez idő alatt közvetlen segítséget nyújtottunk, felügyeltük és támogattuk a közép-európai térség további IOM irodáit.

 2011 júliusa óta a budapesti iroda a szervezet magyarországi tevékenységéért felel. Az iroda a következő felépítéssel működik: Pénzügyi, Adminisztratív és Személyzeti Osztály; Projektfejlesztésért és Megvalósításért Felelős Egység; Operatív Osztály